Seit dem Beitritt Österreichs zur Europäischen Union vor über 25 Jahren hat sich auch der österreichische Föderalismus weiterentwickelt. Dort, wo die Länder die Gesetze machen (z. B. Raumordnung, Bauen, Gemeindeorganisation, Sozialhilfe, Naturschutz, Jagd und Fischerei, Jugendschutz, Sportwesen ua.), können sie auch die Verhandlungsposition der Bundesregierung schon bei der Ausverhandlung von EU-Rechtsakten in Brüssel festlegen (einheitliche Länderstellungnahme). Dies geschieht meist im Wege der Landeshauptleutekonferenz. Das Gleiche kann der Bundesrat bei EU-Rechtsakten, die die Gesetzgebungszuständigkeiten der Länder einschränken würden. Die Länder können damit ihre Teilautonomie auch gegenüber Brüssel behaupten.
Der Salzburger Landtag hat bei dieser Entwicklung eine Vorreiter-Rolle eingenommen. Mit dem schon 1993 in Kraft getretenen „Landesverfassungsgesetz über die Mitwirkung des Landes Salzburg im Rahmen der europäischen Integration" kann der Landtag die Verhandlungsposition der Landesregierung beim Zustandekommen der Länderstellungnahmen in der Landeshauptleutekonferenz zur Bindung der österreichischen Position in Brüssel festlegen. Die dazu notwendigen Beschlüsse kann der Europa-Integrationsausschuss (Ausschuss für Europa, Integration und regionale Außenpolitik) des Landtages in einem Schnellverfahren ohne Plenarsitzung fassen.
Seit dem Vertrag von Lissabon 2007 und dem dazu ergangenen „Protokoll über die Anwendung des Grundsatzes der Subsidiarität und der Verhältnismäßigkeit" können die Länder auch eine Klage vor dem Europäischen Gerichtshof (EuGH) anstreben, wenn die Europäische Union ihre Regelungskompetenz überschreitet und etwas regeln will, das in den souveränen Bereich der Mitgliedsstaaten und – in Österreich – in den Zuständigkeitsbereich der Länder fällt. Dazu können die neun Landtage Stellungnahmen an den Bundesrat abgeben, die dieser bei der Beratung dieses EU-Rechtssetzungsvorhabens erwägen muss. Davon unabhängig können die Vertreterinnen und Vertreter der Länder und Gemeinden im EU-Ausschuss der Regionen auch versuchen, eine Klage durch den Ausschuss der Regionen selbst zu erwirken.
Der Ausschuss der Regionen der EU (AdR) ist die gemeinsame Versammlung der politisch legitimierten Vertreterinnen und Vertreter aller Regionen, Kommunen und Städte aus den EU-Mitgliedstaaten. Die Entsendung des Salzburger Mitgliedes des Ausschusses der Regionen bedarf der Zustimmung des Landtages, sofern es sich nicht um ein Mitglied der Landesregierung handelt. Salzburg wurde von 1996 bis 2024 durch Landeshauptmann a. D. Dr. Franz Schausberger im Ausschuss der Regionen vertreten. In dieser Funktion folgt ihm Landeshauptmann-Stellvertreter Mag. Stefan Schnöll nach. Stellvertreterin ist seit 2013 Landtagspräsidentin Dr.in Brigitta Pallauf.